日本的医疗费高得惊人，就算是拔一颗牙，动辄也要花上数万日元。如果身体有什么不适，最好在国内看完病后再出国。另外在日本加入健康保险是留学生不可缺的。但刚到日本的留学生是享受不到医疗保险的，因此日本政府的文部省特拨预算，对具有"留学"居留资格的留学生，实行医疗补助，以减少留学生的负担。补助幅度为在保险医疗范围内个人费用的80%，即留学生在指定受理健康保险业务的医院接受医疗时，只要提出申请，就可以得到补助，金额为本人已付医疗费的80%。
目前，来日的“就学生”还得不到这一类医疗补助。 预定在留期限1年以上的外国人都必须参加国民健康保险，加入者在因生病或受伤到医院或诊疗所时，只要支付医疗费总额的30%就可以了。不过，也有全额都由个人负担的费用，如住医院的个人要付“差额床费”；使用在健康保险中没有被承认的高额的特殊治疗药物，及镶金牙的特殊治疗等；生产、人工堕胎也是全额自负的。
如果既加入了国民健康保险，又获取了文部省的医疗补助，那么在实行健康保险的医院或诊疗所所付的治疗费中，个人实际上只负担6%。只是，所花的医疗费必须自己先付。 在很多的大学校内，还没有以学生的医疗卫生为目的独立的医疗保险制度。但也可能有一些类似于补助的有关条例，其内容依大学的不同而有差异，可向大学的留学生担当窗口确认。

只要持登录证明书，有1年的"留学"或"就学"居留资格的人马上就可以加入，但拿6个月的"就学"居留资格者，依市役所(区役所)的不同可能会要求提出记载有1年以上在学预定期间的在学证明书。如果有同住的家属时，家属也要一起加入。此时，要仔细确认在健康保险证上有没有记载家属的名字。
在申请时需交纳一定的手续费， 保险费依所住的市乡村的不同而有差异。以东京都23区为例，没有缴纳住民税（都民税、区民税）的人是1个月2,175日元（1998年度）。另外，年收入在一定金额以下者申报的话，保险费可以减额70%或50%。减额是依照前年度的收入来判断的，就算没有收入也请申报住民税。这样如年收入在96万日元以下，每月只需交纳360日元。奖学金、亲属和保证人的赠款不算年收入。因此晚去办理加入申请时，也有可能被要求支付过时的保险费部分。
国民健康保险的加入是以到达日本时起算。另外需注意的是，如果搬家，要带上以前的国民健康保险证到新住址所在公所换新的保险证，否则是不能享受国民健康保险的。 如果必须支付高额医疗费时，日本还实行免除一定数额以上的医疗费和提供无息贷款制度，详情可与市、区、镇、村的政府机构商谈。
留学生活紧张而又繁忙，再加上气候水土的差异留学生较容易生病，此时一定不要嫌麻烦，必须接受医师的治疗，且不要忘记带国民健康保险证。在大都市中，有国立、县立（都立）、市立等公立、私立的综合医院，国立、县立私立大学的附属医院和个人经营的小规模医院等很多医院和诊疗所。留学生可根据病情向所在学校的留学生担当老师及身元保证人询问，到适当的医疗院所接受治疗。如感冒和肚子痛，可到附近的小规模医院或诊疗所，因为大医院的病人很多，必须等很久才能轮上。学校里如果有诊疗设施的话，也可在那里就诊。
假使医生要你住院，那就要依照医嘱。住院时必要的东西，医院方面会有指示，但至少要准备以下物品：外国人登录证，健康保险证，印章（有的话），内衣类、睡衣类（多准备一点），洗脸用具（毛巾、牙刷等），筷子、汤匙、水杯等，拖鞋，笔记本、笔，零钱，生理用品（女性）等。住院的时候，一般会要求有保证人及保证金，金额依医院而不同，大致不到10万日元。结算医疗费时，必须拿收据才能换回保证金，所以保证金的收据要妥善保管。 留学生加入国民健康保险后，虽然支付了全额的医疗费，但如经申请而通过审查，则可退还诊疗费的70%

包括以下情况：

 突然的事故负伤，在没有国民健康保险的医院接受了治疗，急病，旅行中生病、受伤，没有拿保险证接受治疗时。 
因病状严重，医生认为必要的随身看顾的费用。 
按医生指示接受按摩、针灸等治疗，骨折及扭伤接受接骨院的治疗时。 
骨折、骨伤时，做矫正固定的材料费用。
 不能接受"疗养给付"的输血的血费。 
患重病的住院、转院等移送费。 同一个人在同一家医院支付医疗费的负担月额，如果超过一定金额（如东京是63,600 日元，1998年度/没有付住民税的家庭是35,400日元）,可以申请"高额医疗费给付"，超过的金额可以退还。只是，看病时的诊疗费，差额床费不在给付范围内。有关申请办法，可向自治体公所的国民健康保险课询问。 加入保险者生产时，以"生产育儿一时金"可以被给付35万日元。怀孕4个月以上（85天），流产、死产，有医生证明的也给付同样的金额。在加入者死亡后，举行丧礼时，可以被给付棺葬费7万日元（东京都1998年度）。 来日本不久的人中，因语言不通和对日本的生活又不习惯，会有不少人想看病却不敢到医院去。在以下的医疗机关，有用外国语进行诊疗的医院及医疗制度等，打电话询问有咨询员解答，有的会以汉语来对答。
 TILL 联络电话：0286-39-8044
对答时间：周一到周五 上午10点到傍晚6点
语言：英语、日语
东京都卫生局外国语医疗情报服务中心 
医疗情报服务
联络电话：03-5285-8181
对答时间：周一到周五 上午9点到晚上8点
语言：英语、中国语、西班牙语、韩国语、泰语 
救急通译服务
联络电话：03-5285-8185
对答时间：周一到周五 下午5点到晚上10点 周六、周日 上午9点到晚上10点
语言：英语、中国语、西班牙语、韩国语、泰语
 东京都卫生局救急灾害医疗科发行的免费医疗手册（英语、中国语、韩国语、泰语、葡萄牙语）。该手册可以在上述救急灾害医疗科、区役所、市役所、保健所拿到。
 AMDA国际医疗情报中心
联络电话：03-5285-8088
对答时间：周一到周五 上午9点到傍晚5点
语言：日语、英语、中国语、西班牙语、韩国语、泰语（周上到周五）、葡萄牙语（周一.三）、菲律宾语（周三）、希腊语（周二） 
（财）名古屋国际中心联络电话：052-581-0100
对答时间：周二到周六 上午9点到晚上10点半 周日、假日 上午9点到下午5点（周一休假）
语言：日语、英语 京都市国际交流协会
联络电话：075-752-1187
对答时间：周二到周日、假日 上午9点到晚上9点（周一休假）
语言：日语、英语 大阪府厅环境保险间医疗对策课
联络电话：06-6941-0351（分机2538）
对答时间：周一到周五 上午9点到傍晚6点（周六、日、假日休假）
语言：日语 另外，发行登载有使用中国语、韩国语、葡萄牙语医疗机关的册子。