东京大学校区设在东京都内文京区本乡，占地面积 40 平方公顷（本乡总校区），有讲师教员4097人，职员3462人，大学部学生15466人，研究所12884人。东京大学共有藏书 6，646，133 册，其中西文书 3，129 ， 050 册，分藏于全校 60 多个学部、研究所以及有关部门的图书馆和资料中心。中心图书馆藏书近 100 万册， 38，600 种期刊，每年全校订购新书近 20 万册。校内共有 3 所科类齐全的附属医院；医学部的附属医院，附属分院，医学科学研究所的附属医院，总共有病床 1246 张。下面日本留学网（http://www.xuejp.com）为大家介绍东京大学院系设置：
　　学校院系
　　1、学部
　　法学部：历史最悠久的学部，设有民主、公法、政治学 3 系，附属部门有外国法文献中心，近代日本法政史资料中心。
　　文学部 ：设文学、史学、语言学、行动学 4 系，附设文化交流，北海文化研究两实习实验部门。
　　经济学部：仅含经济学、经营学两系，附属有日本产业经济研究室。
　　教育学部：设教育学、教育心理学、学校教育、教育行政、体育和健康教育 5 系，附属学校有中学、高中各一所。
　　医学部：有医学、健康护理学两系，附设脑研究实验室、医学电子实验室、声音语言医学实验室、实验动物饲养室，两所附属医院，附属学校有养护学校、接生护士学校。该学部以外科，特别是脑外科在世界上十分有名。
　　理学部：设数学、信息科学、物理、天文、地球物理、化学、生物化学、生物科学、地学 9 系，附属部门有临海实验场、植物园、基本粒子物理国际中心、光谱化学研究中心、地壳化学研究室、天文学教学研究中心等。
　　工学部：东京大学最庞大的学部，含有 23 个系 109 个讲座，几乎覆盖了所在地工程学科，包括土木、机械、电子、船舶、航空、原子能、资源、金属、材料、应用化学、应用物理、计算、另设工程基础系、原子能工程研究、综合试验场。
　　药学部：只含药学、制药化学两系，附设药用植物园。
　　农学部：开设农业生物学、农业化学、林业学、水产学、农业经济学、农业工程、兽医学、林产学 8 系，附设有农场，实习林场、牧场、兽医院、水产实验场、绿地植物实验场等实习实验设施。
　　教养学部：负责全校低年级学生的公共基础课，下分综合文化、地区文化、社会科学有关学科、系统自然科学、自然科学有关学科 5 系，并设有美国研究资料中心，语言文化中心、数理科学研究室等。
　　2、大学院（研究生院）
　　研究生院设有人文科学、教育学、法学与政治学、社会学、经济学、综合文化、理学、工学、农学、药学、原子能、数理科学 12 个研究科，共分 104 个专业研究方向。研究生院又具有学部的教学功能，它设有为本科生和研究生授课的教研室一类组织 95 个，分属于 10 个相当于系一级的机构中。
　　3、研究所
　　东京大学的科学研究力量强大，机构众多，共有 12 个研究所和 13 个供全校乃至全国共同使用的研究中心。
　　医学研究所：东京大学以及日本大学中相当有名的研究所，把传染病、癌以及其它特殊疾病的有关病理和治疗的研究作为主要研究对象。共设有 25 个研究室，附设有实验动物饲养、动物致病试验，微生物菌株保存，遗传基因破译、分子病研究等部门，亦有一所附属医院。该所有许多人员因医术高明、学业有成在世界上享有盛誉。
　　地震研究所：是日本该领域唯一的研究所。 1925 年设立、理论研究项目有地震波，地震发生机理，火山的地质、物理、化学、海啸，海底地震等；应用研究上有地震、火山、海啸的预测预报，抗震建筑，地震探矿等，还设有强震预测中心和地震预报观测中心，在全国各地设立有近 20 个地震、火山、海啸观测所（站）。
　　东方文化研究所：致力于东方文化的综合研究，下分东亚、南亚、西亚等研究室。其中以对中国的研究最为全面，力量最强，资料十分丰富，研究涉及政治、经济、军事、文化、艺术、历史等领域，附设有东方文化广献中心。
　　社会科学研究所：从研究范围上分为两方面，一是社会科学的综合性研究；二是重在比较方面的研究，还设有供外来人员参加研究的现代日本社会研究室。
　　史料编纂所：是历史悠久的史料馆，负责史料的研究、整理编辑和出版。
　　应用微生物所：研究常见微生物的基本特性及应用，包括发酵工程遗传育种及保存，酶、抗生素的生物合成工程，活性研究，基因转换等，附设有微细藻类综合中心。
　　生产技术研究所 ：前身是东京帝国大学第二工学部，主要从事军工产品的生产和运用，现为东京大学规模最大的研究所，设有 44 个工程技术研究室，其中多元数值信息处理工程研究室为客座教员研究室。并附设有千叶实验场，计测技术开发中心，尖端材料开发研究中心，灾害减轻国际工程研究中心，特殊电子学研究中心等机构。
　　社会情报研究所：设有传播媒体、信息传播、信息与社会 3 个研究室，附设传播媒体资料中心。
　　宇宙线研究所：进行天体物理研究，包括超高能量的强相互作用、弱相互作用，中子物理、宇宙线的观测及研究等。
　　原子核研究所：着重于原子核及基本粒子的实验研究以及有关的基本理论研究，其中超高真空学、中间能物理为吸收外国研究学者的客座研究室。
　　海洋研究所：是日本该领域唯一的研究所，承担海洋方面的综合基础研究任务。有海洋的物理、气象、海洋的化学、生物学、海底结构及地质、海洋的生态，海洋微生物、海洋资源环境调查，海洋渔业开发等研究室，并拥有两艘海洋考察船。
　　物理研究所：进行材料特性实验研究及有关理论的研究，其中固体特性、极限特性等二室为客座教员研究部门。
　　这些研究所中，宇宙线所、原子核所、海洋所、物理所为全国共同使用的研究所。